FTP स्वाभाविक रूप से असुरक्षित है क्योंकि यह डेटा और क्रेडेंशियल्स को प्लेनटेक्स्ट में प्रसारित करता है, जब तक कि इसे SSL/TLS (FTPS) के साथ एन्क्रिप्ट न किया जाए।

एक्टिव मोड FTP में सर्वर को क्लाइंट के साथ डेटा कनेक्शन शुरू करने की आवश्यकता होती है, जो अक्सर फ़ायरवॉल संबंधी समस्याएं पैदा करता है।

पैसिव मोड FTP में क्लाइंट को नियंत्रण और डेटा दोनों कनेक्शन शुरू करने की आवश्यकता होती है।

FTP विभिन्न फ़ाइल प्रकारों का समर्थन करता है जिसमें ASCII (टेक्स्ट) और इमेज (बाइनरी) शामिल हैं।

रुकी हुई फ़ाइल स्थानांतरण को फिर से शुरू करने (resuming) का समर्थन करता है।

एक साथ कई फ़ाइलों/निर्देशिकाओं के स्थानांतरण की अनुमति देता है।

डिफ़ॉल्ट रूप से एन्क्रिप्शन की कमी है, जिससे यह पैकेट स्निफ़िंग के प्रति संवेदनशील हो जाता है।

पैसिव मोड के लिए बड़ी संख्या में पोर्ट की आवश्यकता होती है, जिससे फ़ायरवॉल कॉन्फ़िगरेशन जटिल हो जाता है।

वेबसाइट फ़ाइलों को होस्टिंग सर्वर पर अपलोड करना।

बड़े रिपॉजिटरी में सॉफ़्टवेयर पैकेज का वितरण।

SMTP (सिंपल मेल ट्रांसफर प्रोटोकॉल) का उपयोग ईमेल भेजने के लिए किया जाता है (पोर्ट 25/587)।

HTTP (हाइपरटेक्स्ट ट्रांसफर प्रोटोकॉल) का उपयोग वेब पेजों को ब्राउज़ करने के लिए किया जाता है (पोर्ट 80/443)।

DNS (डोमेन नेम सिस्टम) का उपयोग डोमेन नामों को IP एड्रेस में मैप करने के लिए किया जाता है (पोर्ट 53)।